Table of Contents
Algemene Microbiologie
Algemene Microbiologie
Algemene Microbiologie 2001
Algemene Microbiologie 2001: rol van college
Leerstof:
Algemene Microbiologie op het wwweb
Leerstof in de oudere (8ste) editie van Brock:
Algemene Microbiologie; de rode draad: begrijpen
Algemene Microbiologie: opbouw collegeserie
Inleidende colleges:
Inleidend college 1 (Hoofdstuk 1++)
Chemie, fysica, biochemie, biofysica, microbiologie, macrobiologie, ecologie
De plaats van de microbiologie in de wetenschap
‘Gewoon een zak enzymen?’
Een cel ziet er niet uit als zak enzymen;een bacterie niet
Een gistcel ook niet
Een levende cel doet meer dan biochemie, nl ‘leven’, maar wat is dat?
PPT Slide
Replicerende zelfgecoordineerde autonome machine
Een levende cel onderscheidt zich van zijn omgeving; actief
Replicatie, soortvorming
Evolutie
Hoe vindt men evolutionaire stambomen?
Evolutie stamboom (rRNA sequenties)
De drie grote domeinen des levens
Tussen reductionisme en holisme
Geen zak enzymen maar de cel is…
De kenmerken van het leven
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Rein strijken (zie proef 1): -besmetting voorkomen -specimen in leven houden -het verdelen van het mengsel tot klonen
PPT Slide
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Hoe ziet het leven eruit? (zie ook Experiment 2)
Hoe groot is leven (En waarom?)
Hoe groot zijn Bacteriën?
Oppervlakte/volume verhouding moet groot genoeg zijn
Microbiologie: Met het oog onzichtbaar leven (= autonoom levende cellen)
Kleuring
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Bioinformatica
Hoeveel gen producten zijn er nu eigenlijk echt nodig?
PPT Slide
Bioinformatica
There is more to life than just living!
Waarom zijn er zoveel genen (eiwitten)?
Hoe ziet het leven eruit?
Hoe ziet het leven eruit? Prokaryoot
Hoe ziet het leven eruit? Eukaryoot
Hoe ziet het leven eruit? Prokaryote celwand
Gram kleuring (proef 2)
De gram positieve bacteriën zijn Staphylococcus aureus, de gram negatieve Escherichia coli.
Herkenning van leven
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Het principe van Beijerinck (practicum experiment 4)
Het principe van Beijerinck (practicum experiment 4)
Het principe van Beijerinck/Kluyver verklaard
Inleidende colleges vervolg (Hoofdstuk 1++)
Regulatie, signalering
De verschillende regulatiemethodes
Regulatie
Metabole regulatie: eindproduct remming
Eind product remming in een vertakt pad: erg effectief
Allostere regulatie
Regulatie van genexpressie
Repressie
Inductie (experiment 9)
Activatie
Diauxie (groei op twee substraten, met voorkeur voor een)
Globale regulatie
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Groei exponentieel, dus onverwacht
Individu versus populatiegroei
Populatiegroei: toename in celaantal
Cellen lijken plotseling op te komen!
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Microorganismen en de samenleving
Microbiële ziektes: succesverhaal
Inleidende colleges (Hoofdstuk 1++)
Microbiële ziektes (ziektes van microben)
Faag infectie: primitief?? (Practicum experiment 6)
Wat is een virus?
Hoe meet je bacterievirussen (fagen)?
Lytische versus lysogene infectie
Inleidende colleges:
De kenmerken van het leven
Algemene Microbiologie
Derde college:
Derde college: Microbiologie positie als wetenschap
Microbiële principes: vitalisme versus steriel werken (Pasteur)
Derde college: Microbiologie positie als wetenschap
Bewijzen microbiële ziekteverwekker (Koch)
Derde college: Meten en waarnemen; Hoofdstuk 3
Lichtmicroscoop
PPT Slide
Derde college: Meten en waarnemen; Hoofdstuk 3
E.M: transmissie versus scanning
PPT Slide
Derde college: Meten en waarnemen; Hoofdstuk 3
Interne struktuur; wat is er zichtbaar?
Interne struktuur
Het membraan (-1)
Membraan: lipide bilaag; spoorrails in EM
Membraan: lipide bilaag; lipidenzee met eiwitten als ijsschotsen
Eigenschappen & functie lipiden bilaag
Nadelen lipiden bilaag + oplossingen
Het plasmamembraan (transport)
T en [S] afhankelijkheid transport
Het plasmamembraan (transporttypes)
Het plasmamembraan (transporttypes)
Verschillende types transport
Het plasmamembraan (transportenergetica)
Het plasmamembraan
Het plasmamembraan
Transport gekoppeld aan transport; vaak
Transport: hoe komt de cel aan ?
groep verplaatsing: PEP afhankelijke fosfotransferase systeem
Derde college:
Vierde college: struktuur van het leven (verder in Hfdstk 3)
Celwand
De celwand van Grampositieve bacteriën:
De celwand van Gramnegatieve bacteriën Fig 3.37
De celwand van Gramnegatieve bacterie
Details van peptidoglycaanwand
De dwarsverbanden: Gramnegatief
Dwarsverband Gram- versus Gram+:
Teichoïne zuur in celwand van bacteriën: negatieve lading
Lysozym in traanvocht:
LPS laag van Gram negatieve bacteriën
Celwand Gram+ versus Gram-
Struktuur van het leven (Hfdstk 3)
Wandsynthese vanuit het midden; niet overal
Suikergroepen van binnenuit over het plasmamembraan gezet
Penicilline remt transpeptidatie dus vorming dwarsverbanden: doodt groeiende bacteriën (zie experiment 3)
Struktuur van het leven (Hfdstk 3)
Struktuur van het leven (Hfdstk 3+6.1-6.3)
DNA, primaire struktuur, en genen
DNA: secundaire struktuur; de dubbele helix
DNA tertiaire struktuur: supercoiling
Supercoiling; veranderd linking getal; twee mechanismen:
Algemene Microbiologie
Struktuur van het leven (Hfdstk 3)
Hoe zwem je nu eigenlijk een kant op als je niet zo handig bent? (je kunt alleen zwemmen en tuimelen)
Flagel: complexe struktuur
Struktuur van het leven (Hfdstk 3): bloei van cyanobacteriën
Struktuur van het leven (Hfdstk 3)
Groei
Differentiatie
Spore
Strategie van spore
Vierde college: struktuur van het leven (verder in Hfdstk 3)
Differentiatie
Vijde college: Groei
Overzicht metabolisme
Centrale rol van twee energiëen
Hoofdstuk 4.1-4.3 &4.13-4.15:Voeding en metabolisme
Hoofdstuk 4:Voeding
Hoofdstuk 4:Voeding Stoffen
IJzer: een micro!!nutrient
Hoofdstuk 4:Voeding Gibbs energie bron?
Chemoorganotroof
Chemolithotroof
Hoofdstuk 4:Voeding: koolstofbron voor biomassa
Chemoorganoheterotroof voorbeeld P. denitrificans; practicum experiment 7)
Chemolithoautotroof
Fig. 15.1: Diversiteit naar energie en Koolstof bron
Groei
Groei
Groei
Populatiegroei
Populatiegroei
Exponentiële groei
Exponentiële kinetiek
Wanneer geen exponentiële groei?
Generatietijd
Groeisnelheid
Hoofdstuk 5:Microbiële groeikinetiek
Pot groei (batch growth); practicum experiment 8)
Pot groei (batch growth)
Pot groei (batch growth)
Pot groei (batch growth)
Pot groei (batch growth)
Continu cultuur; chemostaat
[Substraat] bepaalt groeisnelheid; batch culture
Groeisnelheid bepaalt [substraat] chemostaat
Hoe meten we populatiegroei?
Total aantal cellen tellen
Levende cellen tellen
Turbidometrie
Hoofdstuk 5: Groei en Omgevingsfactoren:
Temperatuurafhankelijkheid
De biologie heeft zich aangepast
Leven boven het kookpunt
pH (zuurtegraad)
Hoofdstuk 5: Groei en Omgevingsfactoren:
Osmotische druk
Osmotische druk
Compatibele opgeloste stoffen
Evolutionaire aanpassing organismen aan wateractiviteit
Zuurstofspanning (zie practicum experiment 5)
Zuurstof is gevaarlijk
Zuurstofradicaal verwijderende enzymen
Samenvattend: Groei
Hoofdstuk 11: Industriële microbiologie
productie van cellen, productie door cellen, productie in cellen (Fig. 11.1)
primaire en secundaire metabolieten (Fig. 11.2)
primaire en secundaire metabolieten (Fig. 11.2)
Primaire versus secundaire metabolieten
Fermentor pH controle, doorborrelingprobleem, (oppervlak/volume) (Fig. 11.4)
naast biosynthese ook bioconversie (Fig.11.15)
azijnzuurproductie (Fig. 11.18&19)
gistproductie (Fig. 11.21)
afvalwaterzuivering
Afvalwaterzuivering
Hoofdstuk 11: Industriële microbiologie
Diversiteit
Evolutie; splitsing 4 miljard jaar geleden
Diversiteit
Bacteriële diversiteit
Archaea diversiteit
Archaea: bijzonder membraan
Eukaryote microorganismen
Hoofdstuk 18: Eukaryote microorganismen en hun diversiteit
Fig. 15.1: Metabole diversiteit naar energie- en koolstofbron (practicum experiment 8)
Hoofdstuk 18: Microbiële groeicontrole
Warmte Fig. 18.1
Sterilisatie versus Pasteurisatie
Autoclaaf
Straling Fig. 18.5
Filtratie Fig. 18.7,18.9
Filtreertechniek
Hoofdstuk 18: Microbiële groeicontrole
Chemisch steriliseren
bepalingen Fig. 18.11,12
Bacteriocidenproductie/ontwerp
Richten tegen verschilpunten prokaryoten/eukaryoten
Synthetische bacteriocides
antibiotica
Penicilline remt transpeptidatie (Fig. 3.41; experiment 3)
Antibiotica resistentie
Multidrug resistentie
Multidrug resistentie vormt grote bedreiging
Hoofdstuk 18: Microbiële groeicontrole
En verder….
Microbiële ecologie; onderhoudbare samenleving
Microbiële gemeenschappen
Gildes en gemeenschappen
Onderhoudbare samenleving; en potentiële rol voor de microbiologie
Gibbs energie: fotosynthese (Fig. 15.2)
Anoxygenic photosynthesis
Onderhoudbare samenleving; en potentiële rol voor de microbiologie
Mondiale cycli: koolstof
Mondiale cycli: stikstof (zie ook practicum experiment 4)
Onderhoudbare samenleving?
Onderhoudbare samenleving
Hoofdstuk 22: Epidemiologie, volksgezondheid en microbiologie
Hoofdstuk 22: Epidemiologie, volksgezondheid en microbiologie
endemie, epidemie {wanneer wat en waarom?} (Fig. 22.1)
Spelers in infectieziektes
Spelers in infectieziektes: voorbeeld
Transmissie
Welk type transmissie?
Twee soorten epidemie
Hoofdstuk 22: Epidemiologie, volksgezondheid en microbiologie
Kudde immuniteit; kans op epidemie hangt af van:
ziekenhuis infecties [nocosomiaal]
Maatregelen tegen epidemiëen
Hoofdstuk 22: Epidemiologie, volksgezondheid en microbiologie
Hoofdstuk 23: De belangrijkste microbiële ziektes; directe overdracht
1. Ziektes zijn hier gegroepeerd rond manier van besmetting dus niet per organisme
2. Let vooral op de strategiëen van de ziekteverwekkers
3. Bacteriële luchtweginfecties
Luchtweginfecties
3. Bacteriële luchtweginfecties
Staphylococcus aureus: strategie
4. Mycobacterium and tuberculose (TBC)
Virale ademhalingziektes: erg frequent
5. Virale ademhalingsziektes
Vaccinatie is succesvol
5. Virale ademhalingsziektes
5. Virale ademhalingsziektes#
6. Geslachtsziektes
6. Geslachtsziektes
6. Geslachtsziektes
7. AIDS
HIV-virus hides in its opponent: CD4 helper cells
Hfdstk 24. Ziektes zijn gegroepeerd rond manier van besmetting dus niet per organisme
Overdracht door levende organismen
Malaria en slaapziekte: 3 soorten
Pest: 4 soorten
Overdracht door dode materie
Effect van waterzuivering (VS)
Laatste college
|