Contactpersoon: Hugo van den Berg.
Ieder proces in de cel beinvloedt een aantal andere processen. Zo ontstaat een zekere cellulaire samenhang. De analyse van die onderlinge samenhang kan op allerlei manieren worden aangepakt.
Een macro-chemische aanpak, bijvoorbeeld, probeert ketens van biochemische reacties zoveel mogelijk samen te vatten in een bescheiden aantal processen.
Daar staat een micro-chemische aanpak tegenover, die juist probeert uit te gaan van specifieke biochemische reactie-ketens.
Er is voorshands geen reden om aan een van deze twee de voorkeur te geven.
Welke aanpak de voorkeur verdient hangt vooral af van wat men wil doen met de analyse.
De micro-chemische aanpak kampt met een aantal problemen.
Ten eerste wordt de analyse bemoeilijkt door de talrijke `dwarsverbanden' in de onderlinge beinvloeding van reactie-ketens.
Ten tweede is het niet eenvoudig om de kinetiek van al die reacties kwantitatief in kaart te brengen.
Ten derde: zelfs al slaagt men er uiteindelijk in om die kinetiek weer te geven in een stelsel van gedragsvergelijkingen, dan is het nog niet eenvoudig om inzicht te krijgen in zoiets als `de onderliggende signaalstromen'.
Hjelmfelt en Ross hebben een techniek voorgesteld om aan deze problemen het hoofd te bieden. Het idee is om na te gaan hoe je een rekentuig zou kunnen bouwen aan de hand van chemische reactie-mechanismen. Vervolgens kun je dan gaan kijken of je in de biochemische wirwar van reactie-ketens in biologische cellen iets van de zelfgemaakte modulen kunt herkennen.
Als uitgangspunt voor de stage kan een overzichts-artikel van Arkin en Ross dienst doen:
Adam Arkin, John Ross: Computational Functions in Biochemical Reaction Networks, Biophysical Journal (1994), 67, 560-578
Lezing van het bovenstaande artikel en relevante verwijzingen.
Kritische samenvatting van de Hjemfelt-Ross techniek.
Plaatsing van hun aanpak tussen alternatieve benaderingen.
Evaluatie van de techniek.
Lezing van het bovenstaande artikel en relevante verwijzingen.
Kritische analyse van de Hjemfelt-Ross techniek.
Uitbreiding of toepassing van deze aanpak.
Evaluatie van de techniek.
Terug naar de studentenpagina.