Dans la première partie de cette thèse, nous avons dèveloppè un modèle deb pour P. maximus en mettant l'accent sur un èlèment dèterminant dans la modèlisation des flux d'ènergie: l'apport d'ènergie par la nourriture. Ainsi, le modèle intègre, via les Synthesizing Units, la possibilitè pour l'animal de sèlectionner sa nourriture deux substrats. Nous avons testè ce modèle sur des coquilles Saint-Jacques de la rade de Brest (France) avec comme marqueurs des ressources trophiques des comptages de cellules phytoplanctoniques et des particules organiques en suspension.
Le second chapitre de ce manuscrit dètaille l'intègration de ce modèle de bioènergètique individuelle à un modèle biogèochimique 3D à l'èchelle de la Manche. Ce système de modèlisation permet d'ètablir une cartographie des capacitès de croissance et de reproduction en fonction des conditions du milieu. Les simulations du modèle individuel ont permis d'affiner un modèle spatialisè de dynamique de population divisè en classes d'ages et tenant compte du stade de vie larvaire planctonique. Nous avons rèalisè des prèdictions sur une pèriode de 30 ans, procurant un outil potentiel pour la prèdiction de l'èvolution des stocks exploitès dans cette zone.
Dans la troisième partie de ce travail, sont examinès la saisonnalitè et la diversitè du règime alimentaire de ce bivalve suspensivore en environnement côtier, ceci dans le but d'amèliorer nos connaissances de la dynamique saisonnière de l'alimentation de la coquille Saint-Jacques et aussi de mieux apprèhender la façon dont nous alimentons le modèle bioènergètique. Grâce à la combinaison de marqueurs trophiques regroupant les pigments, les acides gras et les stèrols, mesurès dans le milieu et dans diffèrents compartiments du tractus digestif de l'animal, nous avons mis en èvidence cinq rèsultats majeurs: (i) l'importance inattendue du groupe des dinoflagellèes dans son alimentation; (ii) l'alternance entre l'ingestion de diatomèes et de dinoflagellèes au fil des efflorescences microalgales; (iii) la probable ingestion et assimilation de cyanobactèries et autres bactèries en particulier en pèriode de faible abondance de microalgues; (iv) la capacitè de sèlection de certaines classes d'algues au dètriment d'autres groupes et enfin (v) l'importance des apports de nourriture d'origine pèlagique vers le compartiment benthique durant la majeure partie de l'annèe.
Dans les deux derniers chapitres nous avons dèveloppè puis appliquè une approche consistant à inverser le modèle deb afin de reconstruire la rèponse fonctionnelle de l'assimilation d'ènergie provenant de la nourriture à partir de donnèes de croissance (issues de l'ètude sclèrochronologique de la coquille) et de tempèrature. Il est en effet gènèralement difficile de relier simplement la dynamique de la disponibilitè trophique avec la dynamique de l'assimilation et le procèdè dèveloppè permet de contourner cette difficultè. Pour cela nous avons utilisè une èquation simplifièe de la croissance telle qu'elle est dècrite dans la thèorie deb. Ceci rend l'inversion du modèle plus aisèe tout en permettant, de surcroît, la reconstruction des variables d'ètats et certains flux d'ènergie du modèle (dynamique des rèserves, coûts de maintenance). Comme pour de nombreux organismes à squelette carbonatè, la coquille de P. maximus a cette particularitè de croître par incrèments. L'analyse de ces stries permet une mesure prècise des variations de la croissance journalière. Il est donc possible d'exploiter ces donnèes afin de reconstruire à haute frèquence l'historique de la rèponse fonctionnelle et ce tout au long de la trajectoire de croissance de l'animal. Cette mèthode a ètè utilisèe pour ètudier la variabilitè des caractèristiques de croissance le long d'un gradient latitudinal et bathymètrique. Le caractère variable de la disponibilitè en nourriture semble être un facteur clè pour comprendre la dynamique des flux d'ènergie chez les populations nordiques et profondes. La combinaison de tempèratures douces à de faibles et variables apports trophiques sur le plateau continental pourraient conduire à une sèlection locale d'individus plus petits, prèsentant des coûts de maintenance limitès. De plus, cette approche a permis d'explorer la relation entre la rèponse fonctionnelle reconstruite et diffèrents marqueurs de disponibilitè trophique. Ainsi les mesures de chlorophyll-a dans la colonne d'eau semblent bel et bien expliquer une part importante de la variabilitè de l'assimilation observèe, du moins lorsque la production phytoplanctonnique est importante dans la colonne d'eau.
Ce travail montre que la modèlisation des flux d'ènergie fournit un outil permettant de mieux comprendre l'origine et l'importance de diverses source d'ènergie ainsi que la rèpartition gèographique des individus. Cet outil apporte aussi une explication mècaniste aux phènomènes de variabilitè intra-spècifique. Toutefois, une plasticitè de certains traits physiologiques tels que la filtration est très probable dans la mesure où les paramètres du modèle, calibrès pour la rade de Brest, ne permettent pas de simuler avec autant d'efficacitè la dynamique ènergètique des populations nordiques et profondes. Des efforts doivent donc être portès sur la prise en compte de donnèes provenant des premiers stades de dèveloppement et d'environnements contrastès pour de mieux tenir compte de cette variabilitè au sein de l'espèce afin d'affiner le jeu de paramètres deb pour cette espèce. L'ètude des potentiels physiologiques de P. maximus, rèalisèe au cours de cette thèse, ainsi que le passage à l'èchelle de la population devraient s'avèrer utiles à une meilleure estimation et gestion des stocks exploitès de coquilles Saint-Jacques (dont les fluctuations de recrutement commencent à être mieux comprises). Enfin, alors que les effets du changement global sur ces populations côtières sont en train d'être èvaluès, l'utilisation de la thèorie deb au sein de ce travail fournit des outils intèressants afin d'èvaluer l'impact des changements environnementaux sur les flux d'ènergie de la coquille Saint-Jacques.